Ich selbst benutze den Spice it up Mod nicht, aber das Phänomen kenne ich:
Wenn man ein gemoddetes Schiff baut oder ein Schiff mit einem Mod-Skin ausstattet und der Mod anschließend entfernt wird oder sich die GUID ändert, dann werden die Schiffe (oder auch Gebäude, Gegenstände etc.) einfach vom Spielstand entfernt.
Vergleich mal die GUIDs von Spice It up 3.0 und 3.2 ob es da irgendeinen unterschied gibt, vor allem im Bereich um das Luftschiff herum.
Wenn du den alten Mod wieder reinlädst und dann einen älteren Spielstand lädst, sollten die Schiffe allerdings wieder da sein.
EDIT: Ich habe ein ähnliches Problem seit dem Update auf Version 10 von Anno: ich hatte zuvor diverse Mod-Skins aktiviert, die klappen nun alle nicht mehr. Offenbar hängt das mit den Skins, die mit diesem Amazon-DLC dazu gekommen sind zusammen. Genau weiß ich das aber nicht.